ジョジョの奇妙な冒険 ストーンオーシャン

恋人とのドライブ中に起きた不慮の事故により、窃盗とひき逃げの罪で起訴された空条徐倫。無実を訴えたものの、恋人と弁護士に裏切られ「州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所」に収容される。15年の実刑に絶望する徐倫だったが、父から贈られたペンダントに触れたことにより、不思議な力が目覚めていて…

徐倫の刑務所生活が始まった。しかし、同じ監房の囚人・グェスの常軌を逸した行動によって、徐倫は窮地に追い詰められていく。グェスは徐倫のペンダントによって、不思議な力・スタンド能力が目覚めていたのだ！グェスの能力で身体を小さくされた徐倫は、自らのスタンド「ストーン・フリー」の能力でグェスに立ち向かうが…

徐倫は刑務所内で、野球帽をかぶった謎の少年と出会う。少年は徐倫に「面会人と会ってはならない」と警告する。刑務所内にいるはずのない少年の存在に違和感を覚える徐倫だったが、翌日、少年の言葉通り面会人が訪れる。その人物こそ、徐倫の父・空条承太郎だった…

数年ぶりに再会した父・承太郎から、すべてはDIOの元部下であるジョンガリ・Aによって仕組まれた事件だったと聞かされた徐倫。承太郎の話に戸惑う暇もなく、ジョンガリ・Aのスタンド「マンハッタン・トランスファー」が徐倫を襲撃する。

面会室で目を覚ました徐倫と承太郎。二人は敵のスタンドに夢を見させられながら、ゆっくりと身体を溶かされていた。どこまでが現実で、どこからが夢だったのか。承太郎のスタンド「スタープラチナ」の能力で面会室から脱出した二人に、新たな敵の影が忍び寄る。

謎のスタンド「ホワイトスネイク」の能力によって、承太郎は自身のスタンドと記憶を具現化した2枚の「DISC」を奪われ、仮死状態となってしまった。徐倫は父の命を救うため、刑務所内に戻りDISCを取り戻すことを決意する。一方そのころ、スタンド能力に目覚めたエルメェス・コステロの前に、異常な男囚・マックイイーンが現れる。

農場で二人の囚人が行方不明になった。徐倫とエルメェスは捜索チームに立候補する。徐倫たちの目的は、農場のトラクターのタイヤに隠されているホワイトスネイクのDISC。しかし捜索中、エルメェスが奇妙なことに気づく。5人いたはずの捜索チームに、なぜか6人いるのだ。チームに違和感が広がるなか、やがて看守の姿も消え…

突如湿地帯に現れ、徐倫たちに襲いかかる正体不明のスタンド。徐倫とエルメェスは本体を突き止めるため、ほかの3人の囚人たちを問い詰めるが、どこか様子がおかしい…。スタンドの正体は、ホワイトスネイクによって知性を与えられたプランクトンの集合体「フー・ファイターズ」だった。高い知性をもつ強敵に、徐倫とエルメェスが挑む。

死んだ女囚・エートロの姿を借り、徐倫たちと行動を共にすることになったF・F（フー・ファイターズ）。ある日、運動場で徐倫とF・F（フー・ファイターズ）がキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが現れ、「100回まで続かない方に100ドル」と賭けを持ちかけてくる。徐倫たちは警戒しながらもその誘いに乗るが…

農場で手に入れた承太郎の「スタンドのDISC」をスピードワゴン財団に渡すためには、警備の目をかいくぐり中庭へ向かわなくてはならない。徐倫に与えられたタイムリミットは20分。そこに現れたエンポリオ少年によって、徐倫はとある部屋へ案内される。部屋にいたのは、見知らぬ二人の男。そのうちの一人、寡黙な男、ウェザー・リポートが徐倫の護衛につくと言い…

新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」の攻撃を受け、身体が無重力状態となってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、二人を絶体絶命のピンチに陥れる。ウェザー・リポートの天候を操る能力で雲のスーツを作り、それを纏うことでなんとか耐えしのぐが……。

ラング・ラングラーを退けた徐倫とウェザー・リポート。しかし徐倫は目的地である中庭を目前にして、プッチ神父と遭遇してしまう。プッチ神父が黒幕だと知らない徐倫は、彼に中庭へ行かせてほしいと懇願する。仲間の存在を警戒したプッチ神父は徐倫を見逃すが、すでに新たな追手を中庭に向かわせていた。残り時間はあとわずか。徐倫はスピードワゴン財団にDISCを渡すことができるのか？