ミュータント タートルズ

４人のタートルズ、レオナルド、ラファエロ、ドナテロ、ミケランジェロは、ニューヨークの地下の隠れ家で、師匠スプリンターから武術の訓練を受けてきた。謎の緑の液体に触れてミュータント化してから１５年目の記念日、タートルズはようやく外の世界に出ることを許される。偶然エイプリルという女の子が何者かに連れ去られるところを目撃したタートルズは、彼女と父親を助けようとするが、誘拐犯の正体は？

タートルズは、謎の誘拐犯、クランゲロイドたちが街じゅうの科学者を誘拐して１か所へ集めていて、今夜全員をよそに移動させる計画があることを知る。エイプリルと父親もその場所にとらわれているのだった。ドナテロが発明した道具の力もあり、クランゲロイドのアジトに侵入したタートルズ。アジトの中でエイプリルたちを発見するも、４人の連携がバラバラで、エイプリルたちはクランゲロイドに連れ去られてしまう。

地上でクランゲの動きを探っていたタートルズの4人は、クランゲの分身、クランゲロイドとの戦いの模様を偶然目撃した男性、ヴィックに動画撮影されてしまう。動画を取り返そうとしたラファエロだが、怒りにまかせた行動で奪還に失敗、ヴィックは携帯ごとクランゲロイドにさらわれてしまう。　そのことを聞いた師匠、スプリンターは、「忍辱（にんにく）」の精神を説明し、力づくではなく、頭を使って戦う大切さを教える。

シュレッダーは、宿敵スプリンターがニューヨークにいると知り、東京からやってきた。さまざまな手段でスプリンターとタートルズの隠れ家を探し出そうとする。一方、ミケランジェロは、人間と友だちになれることを証明しようと、ネットで有名な武術家、クリス・ブラッドフォードと友だちになろうとする。だが、クリスは、シュレッダーの手先だった。そうとも知らずに、クリスに会いに行く、ミケランジェロだったが・・・・。

隠れ家の道場でスケボーで遊んでいたタートルズは、スプリンターに怒られ、１週間の外出禁止になる。ヒマをもてあましたドナテロは廃品で音楽プレーヤー、Ｔポッドを発明。さらにタートルズ４人は、夜の街へこっそり出かけると、自作のバトルアーマーを身に着けた、ストックマンという男に遭遇、やっつけてしまう。しかし、ミケランジェロが持っていたＴポッドとストックマンのバトルアーマーとが結合し、どんどん進化してしまった！

他の３人に比べ、木の棒では武器として弱いと不満を持つドナテロは、クランゲロイドのボディを隠れ家に持ち帰り、その技術を使ってメタルヘッドを作る。一方、エイプリルはクランゲロイドのアジトを発見し、彼らがニューヨークの水道にミュータント化物質、ミュータジェンを混入しようとしていることを知り、タートルズに伝える。ドナテロは自分の代わりにメタルヘッドを出動させるが、大混乱を引き起こしてしまう。

エイプリルは、ロックウェル博士、行方不明のニュースを見て父の誘拐と関係があるはずと、ドナテロと博士の研究所へ行く。そこでロックウェル博士の盟友、ファルコ博士に出会い、ロックウェル博士がサルとミュータジェンで実験をしていたと聞く。その帰り、凶暴なサルに出会い、ドナテロはボコボコにされてしまうが、実はそのサルはロックウェル博士だった。

シュレッダーは、失敗したクリスに代え、ゼバーにタートルズを捕まえさせようとする。ゼバーは不良仲間のネットワークを使い、タートルズの情報を集めていた。ある夜、エイプリルはタートルズをラーメン店へ連れていくと、不良グループ、パープル･ドラゴンズが店内で暴れていた。タートルズは彼らを追い払ったお礼にピザ餃子をごちそうになる。二度と乱暴しないようにと、タートルズは、パープル・ドラゴンのアジトに行くが、そこには、ゼバーやクリス、フット軍団がいた。

クランゲが街にミュータジェン爆弾を仕かけた！街の危機を、とらわれの身であるエイプリルの父親が、エイプリルに知らせてきた。クランゲの計画を知ったタートルズは、クランゲのアジトに向かうが、シュレッダーの手先、クリスとゼバーらにジャマされる。何とか爆弾を解除に成功し、クリスとゼバーはミュータジェンをかぶって流される。そこへ、シュレッダー本人が現れ、タートルズをこてんぱんにしてしまう。スプリンターは宿敵シュレッダーとの戦いの始まりを告げるのだった。

スプリンターは、タートルズをシュレッダーの魔の手から守ろうと不眠不休の厳しい稽古をさせる。一方、シュレッダーがなにか企んでいると、くノ一の訓練を受け始めたエイプリルが潜入。危険な薬品で下水管ごとタートルズたちを燃やそうとしていることが判明するが、エイプリルは、クリス・ブラッドフォードのミュータント化、ドッグボッコに誘拐されてしまう。タートルズはエイプリルを奪い返し、計画を阻止することができるのか?

エイプリルの携帯が、不良グループ、パープル･ドラゴンズに取られてしまった。タートルズは、レオナルドとラファエロ、ドナテロとミケランジェロの２組に分かれて取り返しに行くが、ラファエロ達は、ドナテロとミケランジェロ組を格下のBチームと言ってバカにする。向かう途中、多数の小さなロボットと、ロボットの開発者、ストックマンに出会う。シュレッダーは、クリスのミュータント、ドッグボッコとストックマンに命じて、エイプリルの携帯からタートルズの居場所を割りだそうとする。

タートルズは、クランゲと戦って傷を負った凶暴なワニのミュータント、レザーヘッドに出会う。同情したミケランジェロは、隠れ家に連れて帰り仲良くなる。レザーヘッドは、自分がクランゲから次元へのトンネルの電源「パワーセル」を盗んできたため、今は次元トンネルが閉じているのだと説明する。パワーセルを取り返しにクランゲロイドが大勢やってきたため、タートルズは、地下から脱出。レザーヘッドは、パワーセルをタートルズにたくすのだった。